A origem botânica do mel é algo que é esquecida, tanto pelos apicultores como pelo próprio consumidor. Este último desconhece a variedade de méis monoflorais que poderão existir em Portugal, restringindo-se a "mel escuro" e "mel claro".
Os méis escuros são geralmente obtidos em zonas de montanha. Destes, é distinguido o mel de urze (Erica spp.), que em “contra luz” tem uma cor avermelhada. Mas também é possível obter méis monoflorais de castanheiro e de melada. Este último é obtido das exsudações dos Quercus spp. (azinheiras e carvalhos). A abelha aproveita estas exsudações açucaradas que são provenientes da bolota ou das plantas, ou ainda das excreções açucaradas de certos afídeos que sugam a seiva elaborada destas plantas. Este mel é bastante apreciado em países como a Alemanha, em que o seu preço pode atingir quase o dobro dos méis de néctar. Um outro mel que é escuro e que pode ser obtido em zonas de baixa altitude é do tomilho (Thymus spp.). Este mel é obtido em zonas calcárias como é o caso das Serras de Aires e de Candeeiros e Serra de Sicó (centro de Portugal).
Os méis claros são geralmente originários do rosmaninho (Lavandula stoechas), da laranjeira (Citrus spp.) e do girassol (Helianthus annus). Estes méis predominam no Sul de Portugal, embora o mel de rosmaninho possa ser obtido na Terra-Quente Transmontana. Ainda é possível produzir o mel de soagem (Echium spp.), no entanto este mel não é valorizado pelos apicultores, até porque são néctares que contaminam o mel de rosmaninho devido a simultânea floração entre estas duas espécies.
Outros méis monoflorais poderão ser obtidos em Portugal e que possuem uma cor intermédia. O mel de eucalipto é geralmente produzido no litoral (em especial do cabo Mondego para norte) e possui uma cor âmbar. Durante o fluxo de néctar do eucalipto é possível produzir, em média, 50 a 70 kg de mel. Outro mel com interesse na produção apícola é o de silvas (Rubus spp.). Embora este mel seja desvalorizado a nível nacional, os “nuestros hermanos” galegos souberam aproveitar este mel para ser um dos “postais” da Indicação Geográfica Protegida (IGP) da Galiza. Outro mel que é por vezes aproveitado para produção de aguardentes é o de Medronheiro (Arbutus unedo). Infelizmente, este mel não chega facilmente à nossa mesa, devido á sua difícil extracção durante o Inverno. É um mel que tem a peculiaridade de ser amargo mas é bastante valorizado nos países do norte da Europa.